Erstmals ist Mauensee im ältesten Urbar des Klosters Engelberg von 1184 erwähnt als Moginse. Zahlreiche prähistorische Funde (Pfahlbauten, keltische Münzen, Reste von Gebäuden und einer Heerstrasse aus römischer Zeit sowie alemannische Gräber) belegen die prähistorische und antike Besiedelung.

Das Wappen der Gemeinde Mauensee stellt sich aus einem fliegenden Fisch in einem silbernen Feld zusammen. Die verschiedenen Schlossbesitzer führten als Herren von Mauensee das Schildbild in Verbindung mit ihrem Familienwappen. Das heutige Gemeindewappen zeigt den Fisch in aufrechter Stellung und in Blau.

Im Mittelalter ging die Grenze zwischen den Herrschaften von Ruswil und Büron mitten durch den See. Im Jahre 1275 wird eine Burg der Grafen von Habsburg und der Freiherren von Grünenberg erwähnt. Nach dem Sempacherkrieg zerstörten die Eidgenossen 1388 die Burg auf der Mauenseeinsel. 1455 gelangten See und Insel an Luzern. Das heutige Schloss auf der Insel hatte Schultheiss Michael Schnyder 1605 an Stelle der Ruine errichtet. Das herrschaftliche Schloss und der Mauensee sind nach mehrmaligem Besitzerwechsel noch heute in Privatbesitz.

1849 zerstörte ein Dorfbrand das Dorf samt Kapelle, welche in der Folge neu aufgebaut wurde. 1861 richtete ein Grossfeuer in Kaltbach grossen Schaden an.

Die heutige politische Gemeinde Mauensee ist anfangs des 19. Jahrhunderts entstanden. 1818 sind Mauensee und Kaltbach von Knutwil abgetrennt und mit Bognau, einer Enklave des Amtes Willisau, zur selbständigen Gemeinde erhoben worden.

Heute zeigt sich Mauensee als eine lebhafte Gemeinde mit den Dörfern Mauensee, Kaltbach, Bognau und dem Neubaugebiet Chotten mit Handwerks- und Handelsbetrieben sowie Dienstleistungsbetrieben wie Restaurant und Camping. Die Naturschutzgebiete im Hagimoos sowie der Mauensee vermitteln ein sehr naturnahes Erleben unseres Lebensraumes. Die Landschaft bietet lebenswerten Raum als Erholungs- und Wohngebiet.