Im Herbst 2004 konnten 4 Räume in der renovierten Dachwohnung im Gemeindehaus bezogen werden. Sie bieten Platz für die neu eingeführte Begabungsförderung und dienen auch als Gruppenräume für die Primar- und die Musikschule.
2005 führte die Schule Mauensee als eine der Pilotgemeinden im Kanton Luzern die Basisstufe ein. Sie steht anstelle des bisherigen Kindergartens und der Unterstufe der Primarschule. In diesem Zusammenhang wurde ein Klassenraum im Primarschulhaus erweitert.
Aufgrund der Schülerzahlen konnte im Schuljahr 2007/08 nach vorgängigen baulichen Anpassungen eine dritte Basisstufe eröffnet werden.
Bereits nach 3 Jahren im Schuljahr 2010/2011 musste die dritte Basisstufe wieder geschlossen werden.
Auf Schulanfang 2010/2011 wurde für jede Klasse neben dem bisherigen Schulzimmer zusätzlicher Unterrichtsraum geschaffen (Gruppenräume). Aus diesem Grund wurde die Schülerbibliothek in die ehemalige Hauswartwohnung im Gemeindehaus gezügelt.
Im Sommer 2012 wurden die schul- und familienergänzenden Tagesstrukturen auch in den Räumen der ehemaligen Hauswartwohnung eingeführt. Bibliothek und Tagesstrukturen konnten neben- und miteinander die Räume optimal nutzen.
Grosse Züglete stand im Sommer 2016 an. In die frei gewordenen Kanzleiräume zog die Basisstufe B ein. Die Tagesstrukturen und die Spielgruppe zogen nach einem kleinen Umbau ins unterste Schulzimmer im Schulhaus. Die Schülerbibliothek wurde ins ehemalige Spielgruppenzimmer in der Mehrzweckhalle verlegt und in der ehemaligen Hauswartwohnung fand die Flüchtlingsfamilie Wisho Unterkunft.
Dank eines grosszügigen Sponsors konnten die Primarschüler der Schule Mauensee alle mit Tablets und die PS- Schulzimmer mit Beamern und neuen PCs ausgerüstet werden.
Im Sommer 2017 musste aufgrund der steigenden Schülerzahlen wieder eine dritte Basisstufe eingeführt werden.
Heute besuchen 94 Lernende von der Basisstufe bis zur 6.Klasse die Schule Mauensee in fünf Abteilungen. Die Sekundarstufe I (Niveau A-C sowie das Gymnasium) absolvieren die Mauenseer Kinder in Sursee.